瀬戸蔵ミュージアムに入館すると、平成13年に解体された駅舎を再現した『尾張瀬戸駅』が現れます。ここから瀬戸の街を巡り、瀬戸焼の歴史に触れていただくというストーリーになっています。
ここでは、窯業製品の大量輸送を期待された「瀬戸電」にもスポットをあて、平成16年1月、既に瀬戸蔵に搬入した瀬戸電車両モ754号を展示しています。
電車には実際に乗り、運転席に座っていただくことが出来ます。車内には、効果音が流れているので、「本当に瀬戸のまちに着いたような感じだ」と来館者のみなさんから好評です。

『陶房（モロ）』では、かつては瀬戸に多くあった1個のモーター動力で複数の機械を駆動させる装置を再現しています。主なものとして、 〈製土〉に必要な「フィルタープレス」・「クネットマシン」・「土練機」など、〈成形〉に必要な「機械ロクロ」・「泥鋳込み機」などです。その他、絵付・施釉場や天日干し場などもあり、やきものがつくられている窯場の雰囲気を感じ取っていただけます。また、明治後期（20世紀初頭）から昭和30年代まで活躍した石炭窯も高さ約9ｍの煙突と合わせて復元しています。これは市内に実際に残されている石炭窯と煙突をモデルとしました。
その他、「職人の知恵と工夫」というタイトルで、モロという建物に凝縮された職人たちのさまざまな知恵や工夫をお伝えする映像も用意しています。

『せともの屋』では、店先にせとものが置かれている雰囲気を再現し、せとものの豊富なバリエーションを見せる仕掛けを行っています。『せともの屋』の中に入ると窯業民具の展示コーナーとなり、瀬戸におけるやきものづくりの工程が分かるようになっています。
一方、『せともの屋』に面した通りを『中央通ギャラリー』と呼び、ここでは、多様化している瀬戸焼の現在の製品や作品を紹介しています。ここは、ミュージアム内における「せともの」の未来像を提案する場として位置づけ、「せともの」という言葉に、新たな意味づけを試みていきます。具体的には、技術力やデザイン性の高い製品、瀬戸・赤津・水野・品野の地域ごとの特徴のある製品などを期間限定で紹介する展示スペースとして予定しています。

ミュージアム内の呈茶コーナーとして『蔵の庭』を設置します。来館していただいた方は、有料で抹茶などを飲んでいただくことが出来ます。
茶碗は黄瀬戸や志野など50点ほど展示されており、その中からご自身で茶碗を選んでいただくことができます。（※現在営業は月１回程度です。営業日は施設へお尋ねください。）
また、隣接する『窯垣広場』では、休憩スペースとして来館者に利用していただくとともに、「せと・まるっとミュージアム」の関連情報を提供しています。